Bažnyčia buvo pastatyta 1674–1684 m., ją finansavo tuometinis dvaro savininkas Emmerichas von Mirbachas. Embūtės liuteronų bažnyčia buvo viena didžiausių Kuržemės kunigaikštystėje su 300 vietų ir pasižymėjo medžio raižiniais. Pirmojo pasaulinio karo metais bažnyčia nenukentėjo. 1926 m. bažnyčia buvo suremontuota, tačiau Antrojo pasaulinio karo pabaigoje sugriauta. Liko tik sienos ir varpinė, kurioje matyti artilerijos sviedinių paliktos žymės