Vaiņodės baptistų bažnyčia buvo įkurta 1900 metais. Pirmiausia bažnyčia buvo pastatyta kaip gyvenamasis pastatas, nes sovietmečiu buvo uždrausta statyti naujas bažnyčias. Bažnyčia, pastatyta pačių tikinčiųjų ir jų rėmėjų, buvo atidaryta 1983 metais. Pamaldos vyksta sekmadieniais 11:00 val.
